Il nome deriva dal papa benedettino Gregorio Magno I.
Secondo la tradizione, egli raccolse ed ordinò i canti sacri in un volume detto Antifonario, la cui copia originale andò persa durante le invasioni barbariche.
Secondo una variante tradizionale di tale versione, egli dettò il codice ad un monaco, mentre era nascosto dietro un velo: il monaco, accorgendosi che Gregorio faceva lunghe pause nel corso della dettatura, sollevò il velo e vide una colomba (lo Spirito Santo) che sussurrava all'orecchio del papa.
Il Codice Gregoriano sarebbe quindi di derivazione divina.
Più di recente, si è venuto a dubitare non solo dell'origine miracolosa dell'Antifonario, ma della stessa derivazione da Gregorio.
Dalla carenza di testimonianze autografe dell'interesse di Gregorio per quello che riguarda l'impianto dell'uso della musica nel rito della messa, tranne una lettera generica in cui si parla del rito britannico, sono derivate altre ipotesi.
Fra queste, vi è quella secondo cui l'Antifonario (e la storia della sua origine) sarebbero entrambi di origine carolingia (quindi databili quasi due secoli dopo la morte di Gregorio) e farebbero parte dello sforzo di unificazione del nascente Sacro Romano Impero: esistono infatti documenti che attestano i tentativi degli imperatori carolingi di unificare i riti franco e romano.
Secondo questa ipotesi, attribuire la riforma ad un miracolo che coinvolgeva un papa di grande fama come Gregorio sarebbe servito quale espediente per garantirne l'accettazione universale e incondizionata.
